人事コンサルタントの中出です

労働者は労働契約に従い労務を提供して対価として賃金を受け取ります
労働者はこの契約に従い契約内容を履行しなければいけない義務を負っています
したがって自己都合による「遅刻」や「早退」「欠勤」があった場合にその分の賃金を支払う義務は会社にはありません
これを「ノーワークノーペイの原則」と言います

個人の都合によるだけではなく、勤務時間中の労働組合の都合による日常活動や団体交渉、ストライキなどによる争議の場合も「ノーワークノーペイの原則」により賃金をカットできます
働かなかった分を支払う義務はないと言うことです
但し会社側が上記のような場合でも通常通りの賃金を支払うことについては何らの問題もありません

この原則と区別して「制裁による減給」があります
これは就業規則やその付属規程に違反した労働者に対して制裁として賃金から言って額を差し引くというものです
働かなかった分を支払わない「ノーワークノーペイ」とは違うので注意してください

ノーワークノーペイによる控除の方法は決まりがないので、会社独自の計算で控除しています
一般的には、欠勤1日につき年間の月平均所定労働日数分の1を控除するという方法を取っている会社が多いと思います